La era del "nuevo liberalismo" como los partidarios de Estigarribia solían llamarla se acabó inesperada y trágicamente en septiembre de 1940, cuando el presidente falleció en un accidente de aviación. La leyenda cuenta que al precipitarse el avión fatal, el presidente Estigarribia se abrazó con su señora esposa uniéndose así en la muerte como en la vida. Este héroe de guerra fue ascendido póstumamente a Mariscal, honor siempre rechazado por él mismo en vida.

Esperando controlar el gobierno a través de un militar más maleable, los liberales más ortodoxos nombraron al ministro de Guerra Higinio Morínigo como presidente de la República. Morínigo había ganado fama en Paraguay encabezando la expedición a Cerro Corá en 1936 para recuperar los restos del mariscal López. El aparentemente popular y siempre sonriente Morínigo demostró luego ser un político sutil con propia mentalidad y los liberales comprendieron que jamás lo podrían manejar arrepentiéndose luego. Habiendo heredado los poderes dictatoriales del mariscal Estigarribia, Morínigo prohibió a los febreristas y a los liberales rápidamente y se mofó abiertamente en la libre expresión y las libertades individuales. Un dictador sin partido político y sin partidarios, Morínigo sobrevivió políticamente a través de muchos años, a pesar de los innumerables complots en su contra, debido a su astuta influencia sobre un grupo de jóvenes oficiales militares que defendían importantes posiciones del poder. La época de Morínigo fue un caso muy interesante y peculiar en la historia política de un país que siempre se manifestó a través de bandos políticos.

El estallido de la Segunda Guerra Mundial alivió la tarea de Morínigo en el Paraguay y mantuvo al ejército contenido porque estimuló la incesante demanda de productos de exportación paraguayos, como carne, granos y algodón, y alzó las ganancias exportadoras del país. Más importante aún, la política de los Estados Unidos hacia América Latina en este momento hizo a Paraguay elegible para recibir una buena ayuda económica. Una oleada de influencia alemana en la región y las inclinaciones pro nazis de los sucesivos gobiernos de la Argentina alarmaron a los Estados Unidos que buscaron destetar al Paraguay de las ambiciones de los alemanes y argentinos. Al mismo tiempo, los Estados Unidos buscaron reforzar su presencia en la región y siguieron su cooperación íntima con el Brasil, el rival tradicional de Argentina. Con este fin, los Estados Unidos proporcionaron a Paraguay cantidades regulares de fondos y suministros bajo un acuerdo del préstamo y arriendo con tal que los préstamos sean para obras públicas y ofreció asistencia técnica en agricultura y salud. El Departamento de Estado de EE.UU. aprobó lazos aún más íntimos entre el Brasil y el Paraguay y dio el viso bueno para financiar un proyecto de ruta entre ambos países diseñado para reducir la dependencia del Paraguay con la Argentina.

Mucho disgusto causó a los Estados Unidos cuando Morínigo se negó a actuar contra los intereses económicos y diplomáticos alemanes hasta el fin de la guerra. Los agentes alemanes habían convertido a muchos paraguayos con éxito a la causa del Eje. El primer partido nazi en América del Sur se fundó en Paraguay en 1931. Escuelas de inmigrantes alemanas, iglesias, hospitales, cooperativas de campesinos, grupos juveniles y sociedades caritativas se transformaron en partidarios activos del Eje. Todas esas organizaciones desplegaron las esvásticas y retratos de Adolf Hitler en forma llamativa. Las memorias del perenne ministro de Morínigo, Amancio Pampliega fueron muy detallistas y objetivas acerca de esas actividades amen de relatar con jugosos detalles la época que le tocó vivir.

No es ninguna exageración afirmar que Morínigo encabezó un régimen favorable al Eje. Grandes números de oficiales del ejército paraguayo y funcionarios del gobierno eran abiertamente simpatizantes del Eje. Entre estos funcionarios, el jefe de la policía nacional bautizó a su hijo como Adolfo Hirohito como las personalidades del Eje. En 1941 el periódico oficial, El País, había adoptado públicamente la posición pro alemana. Al mismo tiempo, el gobierno controlaba estrictamente sindicatos obreros pro aliados. Los cadetes de la policía llevaban la esvástica y la insignia italiana de las fasces en sus uniformes. El ataque japonés contra Pearl Harbor en diciembre de 1941 y la declaración de guerra alemana contra los Estados Unidos dio la influencia necesaria a los yanquis para obligar a Morínigo a que se comprometa públicamente con la causa aliada. Morínigo retiró oficialmente relaciones diplomáticas con los países del Eje en 1942 pero no declaró guerra alguna contra Alemania hasta febrero de 1945 cuando ya estaba todo decidido en Europa. No obstante, Morínigo continuó manteniendo relaciones cercanas con el ejército argentino profundamente influenciado por los alemanes durante la guerra y proveyó un seguro asilo para los espías y agentes del Eje.

La concluyente victoria aliada convenció a Morínigo de que liberalizara su régimen. Paraguay experimentó una breve apertura democrática cuando Morínigo aflojó las restricciones de la libre expresión, permitió retornar a desterrados políticos y formó un gobierno de coalición. Las intenciones de Morínigo de dar un paso al costado no eran muy claras, sin embargo, hizo una alianza con duros referentes del partido colorado y su faccioso Guión Rojo, el grupo paramilitar colorado para revolver a la oposición. El resultado fue un fallido golpe de estado en diciembre de 1946 desatando una fea guerra civil en marzo de 1947.

Liderados por el coronel Rafael Franco, los revolucionarios eran una unión excéntrica de febreristas, liberales y comunistas unidos solo en el deseo de derrocar a Higinio Morínigo. El coloradismo ayudó a Morínigo a aplastar la insurrección pero el hombre que realmente salvó al gobierno de Morínigo durante las cruciales batallas era el comandante del regimiento de artillería "General Brúgez", un tal teniente coronel Alfredo Stroessner Matiauda. Cuando una revuelta en una base naval de Asunción colocó a un estratégico barrio obrero en manos rebeldes, el regimiento de Stroessner rápidamente redujó el área en puros cascotes. Cuando los cañoneros rebeldes amenazaron con bombardear la capital hasta hacerla rendir desde la Argentina, las fuerzas de Stroessner lucharon furiosamente y los dejaron fuera de combate.

A finales de la rebelión en agosto, un solo partido, el que estaba fuera de poder desde 1904, tenía mando casi total en Paraguay. Haciendo la guerra, se había simplificado la política eliminando a todos los partidos excepto el colorado y reduciendo el tamaño del ejército porque casi el setenta y cinco por ciento de los cuerpos de oficiales habían unido a los rebeldes, o sea, menos individuos estaban ahora en una posición para competir por el poder. Como sucede a menudo en el pasado, el coloradismo se escindió en facciones rivales. La línea dura (Guión Rojo) encabezada por el ardiente nacionalista tirando hacia la izquierda escritor y editor Natalicio González se oponía a las prácticas democráticas. La facción demócrata moderada liderada por Federico Chaves favorecía las elecciones libres y un arreglo para compartir el poder con los otros partidos. Con el retroceso de Morínigo, González lanzó al grupo Guión Rojo para amedrentar a los moderados, logrando así la candidatura presidencial por su partido. Siguiendo la tradición política paraguaya, ganó sin oposición alguna en los largamente prometidas elecciones de 1948. Sospechando que Morínigo no abandonaría tan fácilmente el poder en manos de González, un grupo de colorados y oficiales militares incluyendo a Stroessner, alejó a Morínigo del gobierno. Natalicio González no tardó en unirse con Higinio Morínigo en el destierro en 1949, victima de una intriga dentro de su partido y Federico Chaves se hizo presidente finalmente en 1950 cuando el ejército legó el poder a los colorados demócratas.

El Paraguay es un país de larga y rica tradición de historia oral. Partiendo de esa tradición existe la leyenda del arquitecto Tomás Romero Pereyra. Cuando se iniciaba la dictadura de Morínigo, no se sabía muy bien hacia donde apuntaba el nuevo mandamás del país. Varios miembros ultra colorados sospechaban que en caso de caos y desmembración nacional, se podría aprovechar una anexión del Paraguay de parte de la Argentina dominada bajo gobiernos de fuerte influencia militar desde 1930. Después de todo no sería muy descabellada la sospecha ya que los argentinos eran los únicos que ayudaron al Paraguay en toda la contienda del Chaco siempre bajo mesa. Romero Pereyra se dirigió hacia los brasileños solicitándoles ayuda financiera para refundar el viejo y disminuido partido colorado. De esa manera aparecieron los colorados con considerable fuerza extraída desde la nada para la guerra civil de 1947. Pese a los sucesivos presidentes colorados, éste personaje prefirió mantenerse detrás de la cortina pública oficiando de monje gris. Se decía que Stroessner le debía buena parte de su poder ilimitado dentro del partido colorado.

La política paraguaya se ajustaba en un cierto sentido. La Guerra del Chaco había encendido la revolución de Febrero '36 que a su vez ocasionó la caída del estado liberal e introdujo un retorno del nacionalismo paraguayo con profundas reverencias hacia el pasado dictatorial (fascismo). El resultado fue la constitución del año 1940 que devolvió desgraciadamente al ejecutivo el poder despojado por el liberalismo. Tras un breve romance con la democracia, sobrevino una guerra civil después de la Segunda Guerra Mundial para restaurar en el país al "partido de los lopiztas": el partido colorado. Mientras tanto, la influencia de las fuerzas armadas había aumentado dramáticamente en el concierto público: desde el fin de la Guerra del Chaco, ningún gobierno paraguayo ha subido al poder sin el consentimiento del ejército. Morínigo mantuvo el orden restringiendo severamente las libertades individuales pero creando así un peligroso vacío político ya que él mismo no respondía a partido alguno sus cuentas. Cuando intentó llenarlo con el partido colorado, hizo dividirlo en dos y ninguna facción podía encaramarse al poder sin ayuda castrense. La institución unipartidista, el privilegiar el orden sobre las libertades políticas y la acepción del ejército como árbitro político final crearon las condiciones que favorecieron el avenir de una larga noche el régimen de Alfredo Stroessner Matiauda.