Malherido por la guerra, la pestilencia, una terrible hambruna, una espantosa reducción de la población (el país había perdido el 75 por ciento de su población) y las nunca pagadas indemnizaciones por parte de los aliados, el Paraguay estuvo al borde de la desaparición en 1870. Pero su tierra fecunda y el atraso global uniforme nacional probablemente lo ayudaron a sobrevivir. Después de la guerra, el pueblo eminentemente rural de Paraguay continuó subsistiendo como lo había hecho durante siglos y había desarrollado una existencia magra en el interior bajo condiciones difíciles e inimaginables. La sobrepoblación femenina ocasionó que hubiera un informal sistema basado en el matriarcado tendiente hacia una poligamia que permitió capear en unas décadas esos baches demográficos. La ocupación aliada de Asunción en 1869 otorgó a los vencedores el manejo directo de los asuntos locales. Mientras Bolivia empezó a reclamar insidiosamente sobre sus oscuras pretensiones sobre el Chaco entero, la Argentina y el Brasil se fagocitaron buenos pedazos del territorio paraguayo (alrededor de 154.000 kilómetros cuadrados). Así se les fueron a los guaraníes las actuales provincias argentinas de Formosa y Misiones en forma casi integra y una buena parte del actual estado brasileño de Matto Grosso do Sul. Las Cataratas de Iguazú muy famosas en el mundo, antaño eran, en parte, paraguayas, ahora son compartidas por los colosos sudamericanos para provecho suyo (léase divisas en turismo). Asunción, otrora ciudad rodeada por territorio nacional soberano, comparte ahora con Buenos Aires la curiosidad de ser ciudades fronterizas a la vez que son capitales de sus países.
Brasil sufrió la peor parte de la lucha: con más o menos 150.000 muertos y 65.000 heridos, gastó un aproximado de 200 millones de dólares actuales en la guerra y sus tropas eran el mayor ejército de ocupación en el país, era lógico que Río de Janeiro hiciera sombra a Buenos Aires en el manejo de asuntos de Asunción. Las ruidosas diferencias entre las dos potencias prolongaron la ocupación hasta el año 1876. El control de la economía paraguaya pasó raudamente a las manos de los especuladores extranjeros y aventureros que se precipitaron a tomar ventaja del caos desenfrenado y descontrolable corrupción. El vacío interior de la política nacional fue llenado al principio por sobrevivientes de la Legión Paraguaya. Este grupo de desterrados, localizado en Buenos Aires, consideraba al difunto mariscal López como un peligroso dictador y había apoyado las acciones de los aliados durante la guerra. Esa agrupación formó una suerte de gobierno provisional en 1869 con el guiño brasileño y firmó los acuerdos de las paces de 1870 que garantizaron la independencia de Paraguay y la libre navegación fluvial. También se promulgó una constitución en este mismo año, pero era ineficaz debido al origen extranjero de sus principios democráticos y liberales. Después de que el último soldado aliado había abandonado el país en 1876 una victoria diplomática que desestimó las pretensiones argentinas sobre el área entre el río Verde y el río Pilcomayo fallada por una comisión encabezada por Rutherford B. Hayes, presidente norteamericano; la era de política por partidos en Paraguay comenzó definitivamente. Pero la evacuación de fuerzas extranjeras no significó el fin de las influencias extranjeras. El Brasil y la Argentina permanecieron (y aún permanecen hasta el día de hoy) profundamente involucrados en el Paraguay gracias a sus conexiones con las fuerzas políticas más importantes. Estas fuerzas llegaron a ser conocidas como el coloradismo y el liberalismo en un futuro corto.
Entre tantas vicisitudes hubo margen para la educación del país. De la mano de Benjamín Aceval se fundó en 1877 el Colegio Nacional de la Capital. Con los primeros egresados en 1882 se fundó la Escuela de Derecho. Con la presencia del ex presidente argentino Domingo Sarmiento, eximio docente sudamericano entre 1887 y 1888 (año de su muerte en Asunción) se impuso la creación de la Ley de Educación Común y varios organismos de supervisión de la educación.
Era de esperar que en 1890 brote de pura madurez la fruta más esperada: la Universidad Nacional de Asunción.
Los Liberales y los Colorados
La larga y legendaria rivalidad política entre los liberales y los colorados apareció por primera vez en 1869 pero con los términos azules y colorados como eran conocidos en esa época. 
La Asociación Nacional Republicana, o sea el Partido Colorado, dominó la vida política paraguaya desde los últimos años de la década de 1880 hasta 1904 cuando los liberales lo derrocaron. Ese ascenso liberal marcó el declive del Brasil que había apoyado al coloradismo como fuerza política principal en el Paraguay y comenzó el periodo de influencia argentina.
En la década que siguió a la guerra, los principales conflictos políticos paraguayos reflejaron la lucha liberal-colorada. Los legionarios batallaban contra los lopiztas (ex seguidores del mariscal López) por el poder mientras la Argentina y el Brasil intrigaban detrás de la cortina. Los legionarios veían en los lopiztas como unos reaccionarios que abjuraron convenientemente del régimen fenecido para poder participar en la nueva era del país. Los lopiztas acusaban a los legionarios de traición a la patria y de títeres de extranjeros. Esa situación desafió categorías políticas bien definidas, ya que muchas personas cambiaban constantemente de bando. En buen idioma moderno, se diría que se cambiaban de club deportivo con suma facilidad. El oportunismo personal, no la pureza ideológica, marcó a fuego esta era.
Los legionarios eran una abigarrada colección de refugiados y exiliados que databan desde los viejos tiempos del Supremo. Su oposición a la tiranía era sincera y profesaban preferencias políticas democráticas. Regresando a la patria pobre y xenófoba desde la cosmopolita y próspera Buenos Aires fue un shock muy grande para los legionarios. Creyendo que con más libertad se curarían los problemas del Paraguay, abolieron la esclavitud y fundaron un gobierno constitucional tan prontamente lograron hacerse del poder. Basaron el nuevo gobierno sobre las reglas liberales normales de la libre empresa, elecciones libres y el comercio libre.
Los legionarios, sin embargo, no tenían más experiencia en democracia como los otros paraguayos. La constitución de 1870 se evidenció no aplicable a la situación nacional. La política se degeneró en partidarismos y el faccionalismo e intrigas varias malamente prevalecieron. Los presidentes que se sucedían actuaban como dictadores, las elecciones nunca fueron libres y los legionarios perdieron el poder en menos de una década.
Las elecciones libres eran una sorprendente y no muy bienvenida innovación para los paraguayos comunes que siempre se habían aliado con un patrón que oficiaba de bienhechor en materia de seguridad y protección. Al mismo tiempo, la Argentina y el Brasil no estaban seguros de dejar al Paraguay con un sistema político verdaderamente libre. El jefe militar pro argentino Benigno Ferreira surgió como dictador de facto hasta su derrocamiento con apoyo brasileño en 1874. Ferreira volvió para llevar a cabo el golpe liberal de 1904. Luego Ferreira fue presidente de la República entre 1906 y 1908.
Albores Colorados
Cándido Bareiro, el ex agente comercial de López en Europa, regresó al Paraguay en 1869 y formó una gran facción lopizta. Reclutó al general Bernadino Caballero, un héroe de guerra con antigua intimidad con el finado mariscal López. Después del turbio asesinato del presidente Juan Bautista Gil en 1877, Caballero usó su poder como comandante del ejército para garantizar la elección de Bareiro como presidente en 1878. Pero como Bareiro murió en 1880, Caballero se largó a tomar el poder en un golpe. Ese veterano de guerra de larga barba dominó la política paraguaya de las siguientes dos décadas como presidente o a través de su poder militar. Su ascenso al poder fue notable ya que trajo cierta estabilidad política, fundó un partido gobernante, el colorado, para regular la elección de presidentes y la distribución de favores políticos y inició un lento proceso de reconstrucción económica.Pese a su inocultable idolatría hacia el Supremo, los colorados desmantelaron el original sistema de socialismo estatal de Gaspar Rodríguez de Francia. Los colorados, desesperados por dinero contante y sonante debido a pesadas deudas contraidas en Londres durante el periodo postguerra, puso en venta las inmensas tenencias del Estado que comprendían más de 95 por ciento de la tierra del Paraguay. El gobierno de Caballero vendió la mayor parte de esa tierra a los extranjeros en grandes tajadas. Mientras políticos colorados metieron mano en las ganancias y se transformaban en grandes hacendados, se obligó a campesinos, ya considerados como intrusos, que cultivaban la tierra por varias generaciones atrás a abandonarla y que emigraran en la mayor parte de los casos. Hacia el año 1900, setenta y nueve personas poseían la mitad de la tierra del país.
Aunque el liberalismo había defendido la política de la venta de la tierra, la impopularidad de las ventas y la evidencia de la penetrante corrupción gubernamental colorada produjeron una tremenda indignación opositora. Así, los liberales se transformaron en amargos enemigos de la política de la venta de tierra máxime cuando Caballero descaradamente arregló la elección de 1886 para asegurar la victoria del general Patricio Escobar. Los ex legionarios, idealistas reformadores y antiguos lopiztas se unieron en julio de 1887 para formar el Centro Democrático, antepasado directo del partido Liberal para poder exigir elecciones libres, el fin inmediato de la venta de tierras, control civil del ejército y un gobierno decente. Caballero respondió junto con su principal consejero, José Segundo Decoud y el general Escobar formando el partido Colorado un mes después, formalizando la ruptura del escenario político nacional.
Ambos grupos eran profundamente seccionalizados aunque muy poca ideología verdadera los diferenciaba. Los partidarios colorados y liberales cambiaban de lado cuando les convenía. Mientras los colorados reforzaban su monopolio del poder, los liberales clamaban reformas. Frustrados, los azules provocaron una fallida revuelta en 1891 que produjo cambios en 1893 cuando el ministro de Guerra, general Juan B. Egusquiza (colorado), derrocó al presidente mantenido por Caballero, Juan G. González. Egusquiza sorprendió a los colorados con la decisión de compartir el poder con los azules, movimiento que provocó divisiones internas en ambos partidos. El ex legionario Ferreira, junto con el ala cívica del liberalismo, se unió al gobierno de Egusquiza, quien dejó la presidencia en 1898, para permitir a un civil, Emilio Aceval, hacerse presidente de la República. Los liberales radicales quienes se oponían a compromisos con sus enemigos colorados, boicotearon el nuevo arreglo. El viejo Bernardino Caballero boicoteó también esa alianza y conspiró para derrocar el gobierno civil teniendo éxito cuando el coronel Juan Antonio Ezcurra tomó el poder en 1902. Esta intentona fue la última victoria política de Caballero. En 1904, Ferreira, con el apoyo de civiles, radicales y egusquistas, invadió el país desde la Argentina. Después de cuatro meses de guerra civil, Ezcurra firmó el Pacto de Pilcomayo a bordo de un cañonero argentino el 12 de diciembre de 1904 y abandonó el poder en manos liberales.
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